A IENH conta com Bibliotecas em todas as Unidades. No Pindorama, fica a Biblioteca Erica Dorothea Sarlet, com 11.625 livros. A Biblioteca Dalilla Clementina Sperb está localizada no Oswaldo Cruz, com 12.544 livros disponíveis no acervo. A Biblioteca Ernest Sarlet, da Unidade Fundação Evangélica, conta atualmente com um acervo de 20.616 livros. Na Unidade Igrejinha, a Biblioteca conta com 264 exemplares entre livros, CDs e revistas. Totalizando nas cinco Unidades 45.049 exemplares disponíveis aos alunos, professores e funcionários da Instituição.
Todos esses espaços compõem o Sistema de Bibliotecas da IENH e são um importante centro de apoio para atividades escolares, acadêmicas, de lazer e cultura.
Os ambientes mais utilizados são o laboratório e as salas de estudo, mas os espaços como um todo geralmente são muito utilizados pelos estudantes e professores, seja em horário regular de aula ou durante o intervalo. Os alunos aproveitam diversos momentos para ir às bibliotecas ler, pesquisar e jogar xadrez.
